ส่วนทรัพยากรน้ำ มีหน้าที่และอำนาจ ดังนี้
๑) การอนุญาต ควบคุม กำกับดูแลการประกอบกิจการน้ำบาดาลตามกฎหมายว่าด้วยน้ำบาดาล
๒) การตรวจสอบการประกอบกิจการน้ำบาดาล เปรียบเทียบคดีความผิดตามกฎหมายว่าด้วยน้ำบาดาล และกฎหมายอื่นที่เกี่ยวข้อง
๓) รับคำขอสัมปทาน ต่ออายุ โอน ขยายเขตประปาสัมปทาน รวมทั้งคำขอปรับอัตราค่าน้ำหรือคำรับรองมาตรวัดน้ำ
๔) ประสานการสำรวจการใช้ประโยชน์ทรัพยากรธรณีในระดับจังหวัด
๕) ประสานและดำเนินการแก้ไขปัญหาอุทกภัย และภัยแล้ง
๖) ดำเนินการเรื่องร้องเรียนด้านทรัพยากรน้ำ ดำเนินการตามกฎหมายว่าด้วยการอำนวยความสะดวกและกฎหมายอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง
๗) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย